Introdução:
[Esta é a segunda parte de um artigo de duas partes.] A doutrina filosófica do naturalismo metodológico é falha. Em muitas áreas, a ciência não é religiosamente neutra. Além disso, nem as afirmações sobre a definição ou a natureza essencial da ciência, nem as pressuposições teológicas (por exemplo, "integridade funcional") podem sustentar adequadamente o naturalismo metodológico. No entanto, pode-se encontrar um apoio mais forte para a doutrina no que pode ser chamado de "ciência duhemiana" - isto é, aquelas investigações empíricas realizadas por todas as partes em um terreno comum, independentemente de quaisquer suposições metafísicas que possam ser sustentadas por apenas alguns pesquisadores. A ciência duhemiana é, portanto, "maximamente inclusiva". A "ciência agostiniana", por outro lado, pode empregar suposições teológicas ou filosóficas particulares.